Pourquoi la transition vers un carnet de laboratoire électronique (ELN) est une excellente idée

La génomique, la protéomique et d'autres technologies « omiques » ont fourni des montagnes de données et des informations sans précédent aux spécialistes des sciences de la vie des universités, de l'industrie et du gouvernement. Bien que puissantes, ces techniques de « mégadonnées » ont mis à rude épreuve certaines infrastructures obsolètes, à savoir le carnet de laboratoire papier, utilisé pour enregistrer, stocker, analyser et diffuser des informations dans un environnement de laboratoire.

Prendre méthodes génomiques, par exemple, qui génèrent 10^21 bases par an en données de séquençage et environ 2 à 40 EB (soit un exaoctet ; 1 quintillion ou 10^18 octets) par an qui doivent être stockées. Cette échelle est au-delà de l'astronomie : si chaque octet mesurait un pouce de long, il s'étendrait jusqu'à la Lune et reviendrait à la Terre plus d'un milliard de fois. Si vous ajoutez à cela les données d'imagerie numérique et d'autres techniques gourmandes en données, la masse de données doit être sûre, facilement accessible et partageable (comme recommandé par les bonnes pratiques scientifiques et mandaté par de nombreuses agences de financement) devient écrasante.

Les succès et les inconvénients des carnets de laboratoire en papier

Malgré la forte dépendance à l'égard des données numériques, le bloc-notes de laboratoire papier constitue le cœur des données, des métadonnées, de l'analyse des données, des protocoles et des échantillons. La dépendance à l'égard du papier constitue un obstacle majeur au progrès scientifique. Les données papier et numériques ne s'intègrent pas parfaitement. De nombreux chercheurs sont contraints de vivre une existence hybride qui entraîne des pertes de données, des problèmes de réplicabilité et de reproductibilité, le non-respect des mandats de partage des données, etc. En fait, le NIH a indiqué que les problèmes de non-reproductibilité découlaient d'un absence de méthodes de documentation appropriées, dont beaucoup sont associés à l'utilisation d'un carnet de laboratoire en papier.

Alors, pourquoi les carnets Paper Lab existent-ils toujours ?

Carnets de laboratoire électroniques (eLN), qui peut offrir une solution logicielle pour la prise de notes, le stockage des données et l'organisation des informations, offre des avantages incroyables par rapport aux cahiers de laboratoire en papier.

Pourtant, de nombreux chercheurs jouissent de la liberté de des flux de travail ou des structures chimiques dessinés à la main, ce qui peut être fait en portant un équipement de protection individuelle (EPI). Il est également nécessaire de apprendre un nouveau logiciel, ce qui peut parfois s'avérer compliqué, notamment lorsqu'il n'est pas intuitif à utiliser et que l'expérience utilisateur n'a pas été suffisamment prise en compte. En fin de compte, cela les incite peu à modifier leurs pratiques de gestion de l'information ou à en adopter de nouvelles.

3 avantages d'un carnet de laboratoire électronique (ELN)

Cela ne fait aucun doute : il est difficile de changer des habitudes bien ancrées, même celles qui entraînent des inefficacités et des pertes de données.

Cependant, les défis actuels en matière de gestion des données auxquels de nombreux laboratoires sont confrontés entravent les avancées scientifiques rendues possibles par les mégadonnées.

Les ELN offrent la possibilité d'améliorer le statu quo en supprimant les blocs-notes en papier impermanents et les systèmes de stockage peu sûrs.

Raison d'utiliser un ELN #1 : Promouvoir la reproductibilité

Reproductibilité a toujours occupé une place importante dans le domaine de la science. Pourtant, la collecte de données et la complexité des calculs augmentent en raison du recours croissant aux mégadonnées, à l'analyse bioinformatique et à de nombreux outils logiciels. Grâce à cela, le potentiel de problèmes de reproductibilité augmente.

Les ELN permettent d'améliorer la documentation des flux de recherche, le suivi des révisions et la gestion des données, en aidant d'autres chercheurs à répéter leurs expériences à l'avenir, en évitant les pertes de données et en permettant un processus de révision efficace pour toutes les données.

Raison d'utiliser un ELN #2 : accessibilité améliorée

Avez-vous déjà essayé de revenir sur vos anciennes expériences ou sur celles de quelqu'un d'autre pour trouver un protocole ou un ensemble de données critique ? Les carnets de laboratoire en papier rendent notoirement difficile la localisation de documents historiques. Passer au peigne fin les anciennes entrées peut prendre du temps, même s'il existe des index créés par les utilisateurs ou une table des matières.

L'avantage d'un ELN est qu'un utilisateur peut rechercher rapidement des protocoles, des entrées, des échantillons ou des ensembles de données à l'aide de simples requêtes par mots clés, de plages temporelles, de balises de métadonnées ou d'utilisateurs. Cela permet également de réorganiser et de trier facilement les entrées, alors qu'avec un carnet de laboratoire en papier, vous êtes bloqué dans l'ordre chronologique.

Raison #3 : Partage instantané

La collaboration et le partenariat font partie de la science ; que vous travailliez avec quelqu'un dans la même baie ou à l'étranger, le partage d'informations critiques est nécessaire. Avec les carnets de laboratoire en papier, le partage d'informations avec vos collègues est un processus fastidieux qui implique de localiser et de scanner les entrées applicables.

Les ELN constituent une alternative intéressante, car ils permettent de partager des informations avec une facilité similaire à celle de Google Doc. Les autorisations de visualisation/modification peuvent être accordées instantanément aux entrées, aux protocoles et aux ensembles de données, quelle que soit leur situation géographique.

Profitez des avantages des carnets de laboratoire électroniques

Les ELN offrent de nombreux autres avantages qui peuvent transformer les opérations de laboratoire et augmenter la productivité.

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